水利局内设6个科室。

办公室

协助局领导组织处理机关日常工作；综合协调各科室工作；负责大型会议的组织；负责宣传、秘书、公文、信息、档案、保密、信访工作以及机关内部规章制度的建立和落实；负责机关、直属单位的人事、劳动工资、机构编制、机关财务工作；负责机关后勤保障、治安保卫工作；负责水利行业职工的教育规划和行业培训工作。

计划财务科

组织编制全盟水利发展战略、流域规划、中长期计划和年度计划，会同有关部门制订长期供水计划；组织全市水利水电建设项目的建议书和可行性研究报告的立项报批；组织协调流域的开发工作；负责全市水利行业的财务会计管理，对全市水利建设资金的使用和计划的执行实施管理监督；水利资金和经营管理，监督管理水利系统的国有资产；主管局直属单位的财务工作；负责全市水利综合统计工作·

水政水资源科（节约用水办公室）

贯彻执行国家、自治区有关水利政策法规，研究拟定有关全市水利行业的规范性文件；负责全市水资源统一管理和保护工作，组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；会同有关部门制定并实施跨旗（市、区）的水量分配方案和中长期供水计划；组织实施水功能区划分和向饮水区等水域排污的控制，审核水域纳污能力提出限制排污总量的意见，指导水质监测工作；协调处理部门和旗（市、区）间水事纠纷，查处水事违法案件；指导全市水政监察规范化建设；承办水利行政复议和应诉工作；参与水价制定意见；负责日常普法宣传培训工作。

负责审查建设项目取水、节水方案，参与重点建设项目的节水设施验收；提出和下达各旗（市、区）和市直属用水单位的中长期和年度用水计划及用水指标；推广应用国家认证的节水型产品、技术、工艺，会同有关部门组织实施节水型产品和计量设施的市场准入制度；指导全市节约用水工作。

农牧水利水保科

贯彻执行国家、自治区关于农村牧区水利工作的方针政策、发展规划及有关规范和标准，拟定相关法规性文件、规划、规范和标准并组织实施;指导全市农田草牧场水利基本建设和农村牧区水利社会化服务体系建设；组织拟定农牧水利小型灌区规划；指导农田草牧场水利工程管理制度改革。

负责全市水土保持工作，协调水土保持综合治理；拟定水土保持工程措施规划并组织实施；组织指导全市水土保持重点治理区工作；组织水土流失的监测，对有关法律、法规的执行情况依法实施监督；负责牧区水利科技工作。

水利水电建设管理科

对全市水利水电工程建设实行行业管理；组织协调全市重点水利水电工程的前期工作及工程建设；主管全市水利水电工程建设监理和定额、造价、管理工作；主管全市水利行业技术标准、规程规范、技术和质量监督工作；组织重点水利水电工程建设项目的地区级验收工作；负责全市重点水利水电工程项目年度计划的落实和实施；按工程审批权限审批水利水电建设项目；负责全市范围内的国际河流治理工程建设与管理工作；组织实施全市农村牧区水电电气化旗市建设；负责水利行业对外经济、技术合作与交流，负责全市水资源综合开发利用工作；对全市水库大坝安全实施监督管理；对全市江河和水利工程的防洪安全实施行业管理；协助市发展计划委员会做好全市水库移民安置及管理工作。

防汛抗旱指挥部办公室

贯彻落实国家、自治区关于防汛抗旱工作的政策法规，组织、协调、监督、指导全市防汛抗旱工作，对大江大河和重要水利工程提出防汛抗旱调度意见、方案，承担市防汛抗旱指挥部的日常工作。

主管全市乡镇苏木供水、人畜饮水工程规划；组织编报和下达年度实施计划；申报、审批工程设计；监督工程建设，组织工程验收。

纪检组。负责市水利局及水利系统纪律检查工作。

机关党总支。负责市水利局机关及所属单位党务工作。