中心现有职工700余名，汇集了复旦大学附属中山医院、华山医院、复旦大学上海医学院及原上海市传染病医院等各方面专家、教授。中心设置床位500张，主要收治病毒性肝炎、妊娠肝炎、重症肝炎、肝硬化、伤寒、乙型脑炎、流行性出血热、流行性脑脊髓膜炎、化脓性及结核性脑膜炎、肠道传染病、艾滋病、破伤风、狂犬病、性病、肺结核、传染性非典型性肺炎等各种法定传染病。在重症肝炎、妊娠肝炎、中枢神经系统感染和艾滋病治疗等方面颇具特色，曾获多项临床成果奖和科研奖。中心现设有肝炎科、重症肝炎科、妇产科、特需病区、中医科、中西医结合科、感染科、呼吸科、外科、麻醉科、眼科、儿科及口腔科等临床科室和影像科、检验科等医技科室。

中心配置了先进的医疗仪器及科研设备，如菲利浦三维成像技术彩超、西门子16排螺旋ct、1·5t磁共振（mri）、全数字血管造影机（dsa）、多功能数字式x射线摄片机（dr）等一系列高精尖医疗仪器及上海首个数字化手术室、mars人工肝为临床诊治提供了强有力的硬件支持。中心设置有icu病区、压差病房、数字化信息管理系统（his）、医学图像存储与传输系统（pacs）、远程医疗和医疗示教系统，通过图像传输实现专家会诊、学术交流、教学培训、家属网上探视等多种功能。中心与世界上主要的公共卫生科研机构有着广泛的合作。