根据上述职责，市农业局设6个职能处室：

（一）办公室。综合协调局机关日常政务；负责会议组织、文秘、档案、信访、保密、社会管理综合治理、安全保卫及政务信息和行政监督工作；负责起草综合性报告、规范性文件，制定机关内部规章制度并监督实施；负责农业产业扶持政策的拟订和实施，抓好农业项目工作；指导农业宣传；参与扶贫工作；负责抗灾农用物资的分配；指导农业系统和直属单位财务管理；负责内部审计及局接待后勤工作。指导农业信息服务体系建设。

（二）人事科教处。负责局机关和直属单位的机构编制、人事、培训教育、劳动工资、离退休人员的管理服务工作；负责全市农业、农业工程系列专业技术职称评审及推荐；指导管理农民技术职称评审和农业职业技能等级鉴定及技师考评。负责制定有关农业科技、教育、推广工作的中长期规划和年度计划；协调农业科技的研究、教育和推广工作；负责农业科研项目的遴选和成果的鉴定、奖励工作；负责全市农业技术推广体系建设；负责农业专业技术培训工作；做好全市农业广播电视学校管理工作；指导农民教育培训工作；指导全市农业生态环境治理和农村能源开发利用工作。指导农业生物质产业发展和农业面源污染治理有关工作。负责农业植物新品种保护、农业野生植物保护和农业转基因生物安全管理监督。

（三）法制处（挂行政审批处牌子）。负责农业法制宣传教育；负责农业法制和执法监督；负责行政执法证件管理、执法人员专业法律知识培训工作；承担市本级农业行政复议、听证、应诉、理赔和错案责任追究工作；负责审核以局名义作出的规范性文件、农业行政处罚等行政行为；受理违反农业法律、法规和规章行为的举报；受理农业行政执法投诉并组织查处。

承担本部门相关行政审批、审核职能；负责牵头拟制本部门行政审批服务工作的规章制度和办事流程；依法提出本部门行政审批事项的增加、修改或取消建议；负责本部门行政审批服务事项的网上办理、网上公开和网上咨询工作；指导、协调和监督本部门直属单位的行政审批和相关服务工作。

（四）农产品质量安全监督管理处。负责全市农产品质量安全监管体系建设和农产品质量安全监督管理工作；牵头组织农产品质量安全重大事故的调查及突发事件的应对工作；做好农产品质量安全宣传、质量安全责任制落实、基地（市场）农产品质量监督工作；参与拟订农业产业产品的技术质量标准并组织实施，推进农业标准化生产，抓好无公害农产品与绿色食品基地建设；负责农业统计工作；负责农业“三品”（无公害农产品、绿色食品、有机农产品）认证和管理工作。

（五）产业发展处。负责拟订全市农业产业化经营的有关政策，并组织实施；负责对全市农业龙头企业的指导管理；指导现代农业园区、休闲观光农业工作；做好局系统和全市农垦及农业事业三场经济体制改革的指导和有关管理工作；指导农业保险工作，负责农业保险数据的提供、参保品种基数的核实、农户参保的组织等工作；负责农业安全生产工作；负责外向型农业和农业招商引资工作；负责全市农产品营销管理和服务工作；全市优质农产品的宣传推广活动，负责农产品展示、展销的组织实施，组织参加省内外举办的各类农产品展示展销会。

（六）经营管理处。负责稳定和完善农村基本经营制度，调节农村经济利益关系；负责村经济合作社的业务指导、服务和监督工作；负责管理农村集体土地承包和土地承包经营权流转；负责农民负担监督管理工作；负责农村集体“三资”管理，指导、监督农村集体经济组织的财务会计、审计工作；负责农民专业合作社发展的管理指导和服务。

直属机关党委。负责局机关和直属单位的党群工作。