民国二十三年（1934年）7月，县立江宁中学创建，校址南京南门外小市口，时招收初一学生48人，附设中师班一个。

民国二十四年（1935年）秋，更名为省立江宁中学，迁址东山镇，高中部开始招生。

民国二十六年（1937年），日军侵华，江宁沦陷，校舍被毁，学校被迫遣散。

民国三十七年（1948年）7月，在东山金山庙复校，后迁址原县干部培训所内，更名为江宁县初级中学，时招收初一班级三个、师范速成班一个。

1949年，迁址岔道口。

1953年，设江宁县初级中学汤山分部。

1956年秋，开始招收高中新生，更名为江宁县秦淮中学，被列为镇江地区重点中学。

“文化大革命”期间，学校机构瘫痪，县商业局、物资局所属公司占校舍为仓库。

1970年，迁址原江苏省财经学校校址，更名为江宁县中学。

1980年，被确定为江苏省首批办好的重点中学。

1993年，被评为江苏省重点中学。

1999年，初、高中分离，成为独立高中。

2001年3月，更名为南京市江宁高级中学。

2002年4月，通过国家级示范性高中验收。

2003年，创办民办学校东山实验中学（至2007年9月）。

2004年3月，转评为江苏省四星级普通高中；同年7月，迁新校址。

2011年，被确定为南京市艺术教育普及型特色学校。

2017年2月，通过江苏省四星级普通高中复审。

2023年4月18日，江宁高级中学新校区在麒麟街道福宁路正式揭牌。