市委农工部（市政府农办）设4个职能科（室）：办公室、经济发展科、基层工作科、综合调研科。

市农业产业化经营工作领导小组办公室和市社会主义新农村建设领导小组办公室均设在市委农工部（市政府农办）。

吉安市新农村建设领导小组办公室

负责指导全市的新农村建设工作；规划、调度、指导新农村建设；掌控、调度新农村建设资金和必要的涉农项目资金；统筹抓好农村基层组织建设和农业合作组织建设。

吉安市农业产业化领导小组办公室

负责指导全市的农业产业化工作；组织制定富民产业发展规划；组织实施“一村一品”工程；指导建立规模农业基地和优势农业产业带；培育、壮大、管理市级以上农业龙头企业。

办公室

管理农工部内部政务和日常事务；组织起草全市性涉农会议文稿；牵头制定涉农工作年度考评办法；衔接涉农检查活动和年度考评工作；协调上级、下级、同级农工部之间的关系；办理人大代表建议和政协委员提案。

经济发展科

具体承办农业产业化办公室的日常工作；组织制定富民产业发展规划；组织实施“一村一品”工程；指导建立规模农业基地和优势农业产业带；培育、壮大、管理市级以上农业龙头企业。

基层工作科

具体负责市新农村建设办公室的日常工作；规划、调度、指导新农村建设；掌控、调度新农村建设资金和必要的涉农项目资金；统筹抓好农村基层组织建设和农业合作组织建设。