story模式形式分为5大场景，每关下设12小关。此模式从内容上可以说是后三种模式的集合，因为此模式下会随机出现后面三种模式的挑战类型，以及包括休眠、石化、关灯等在内的一系列的难度模式，同时有金色gemibear作为奖励分数，形式多样，刺激度一流。

在此模式下每关结束，除了会给出星级评定外，还会根据所得的分数增加左下角presentbox的经验积累，当它满格，玩家就能随机得到系统奖励的gemibears形象，收集在自己的gemipedia中。

最后一关的消除方法也跟前面的有些相同，采用的是“萌物翻转”，这其实在某种程度上与传统的三消有些相似，点击gemibear使之翻转，两边颜色相同即可消除，没什么特别的难度。