1958年12月，济南市博物馆在趵突泉公园内创建。

1959年，在趵突泉公园创建了宋代词人李清照纪念堂。

1961年，在大明湖公园内创建了宋代词人辛弃疾纪念祠。

1989年3月，坐落于风景名胜旅游景点千佛山公园西侧的济南市博物馆新馆动工兴建。

1992年5月，济南市博物馆新馆竣工。

1997年，济南市博物馆新馆正式投入使用。馆占地面积8500平方米，建筑面积6300平方米，其中陈列面积2400平方米。

1998年，被济南市正式公布并授牌为济南市首批爱国主义教育基地。

2005年，被山东省正式公布并授牌为山东省爱国主义教育基地，并被济南市精神文明办公室授予市级文明单位。

2008年，济南市博物馆向全社会实施免费开放。

2009年，被评定为国家二级博物馆。

2011年10月，济南市文物商店整建制并入济南市博物馆。

2022年11月23日起，济南市博物馆暂停对外开放，恢复开放时间另行公告。