综合部

承担博物馆日常工作的综合协调；承担文电、会务、机要、保密、信息、档案、信访、应急等工作；承担财务和国有资产管理、后勤服务保障工作；承担机构编制、岗位管理、考核奖惩、教育培训、工资福利、社会保险、出国(境)管理、离退休人员管理服务等工作；承担党建、群团、意识形态、精神文明建设等工作。

安全保卫部

承担博物馆安全保卫和安保人员的管理工作。

藏品研究部

承担文物藏品的鉴选、征购、接收、登录编目、建账建档、鉴定定级、保护修复等工作；承担文保项目的申报和组织实施工作；承担实验室建设，以及学术研究、学术交流、业务培训等工作；承担文物及库房安全工作。

陈列展览部

承担基本陈列展、巡展、联展、交流展、惠民展等陈列展览的策划、设计、实施和接洽、备案、宣传工作；承担各类展览评选申报的组织工作；承担陈列艺术理论研究、陈列艺术研讨等活动；承担博物馆其他艺术设计工作。

社会教育部

承担博物馆社会教育体系建设，以及社会教育品牌的策划、设计、实施与推广工作；组织开展文化惠民活动，发挥爱国主义教育基地、科普基地、研学基地作用；承担讲解员、志愿者的培训管理及观众服务工作；承担文创产品研发和产业管理工作。

信息技术部

承担智慧博物馆建设；承担济南数字博物馆平台、自媒体平台的建设、运营和宣传工作；承担文物数字化保护项目的申报和实施；承担文物藏品的影像采集、数字信息存储以及维护、利用工作。