迄今为：i：l—，我院共取得科研成果180余项次。“九五”以来、共完成国家、省、市科研项目38项次，获得各种科技成果奖励41项次，其中省部级以上奖励15项次，市科技进步(星火奖)一等奖lo项次，市科技进步二、三等奖16项次。此外，获得专利4项，主编或参编出版专业科技书籍15本，撰写学术论文和科普文章230多篇。选育出小麦、大豆、玉米、甘薯、辣椒等农作物新品种38个，其个小麦：鲁麦16号”、“济宁l 3号’、“济宁16号”、“济宇17号”，大豆“鲁豆2号”“鲁豆12号”、“山宁8号”“山宁12号”，甘薯“鲁薯4号”，辣椒“鲁椒3号”，分别通过省级审定或认定，大豆“鲁宁1号”，2003年通过国家审定。同时，我院加大科技开发科技成果转化力度，推广转化科技成果40余项，取得社会经济效益100多亿元。承担的济宁市科技兴农十大工程之一的“济宁市甘薯脱毒快繁工程”，1998年被授予“全省两薯脱毒技术推广先进单位”。育成的“济宁12号”“济宁13号’’小麦新品种和“超高产夏大豆种质jn96-2343(鲁宁1号)的创新研究”评为济宁市2001年和2002年十大科技成果奖；2001年市委、市政府授予“济宁市科技进步年活动先进集体。”

2022年3月，济宁市农业科学研究院国家特色蔬菜产业技术体系济宁综合试验站创新团队被授予全国三八红旗集体称号。

2023年2月，入选“2022年度山东省级文明单位”拟表彰名单。