（一）办公室。负责机关日常运转工作；负责机关重要文稿起草、办文、办会、综合协调、档案、保密、印章管理、信访、信息、督查督办、政务公开、考评、后勤保障等工作；负责党的建设、党风廉政建设和反腐败工作；负责全局组织人事管理工作；负责办理人大建议、政协提案工作。

（二）政策法规科。负责辖区水行政法律、法规的宣传、贯彻和监督、指导工作；负责水行政执法案件的审查和案件评查工作；承办行政诉讼、听证、行政复议、行政赔偿工作；负责司法衔接、行政执法协调工作；负责局对外合同审查备案工作；制定、修订和清理水务部门地方性规范文件；负责全局干部、职工普法宣传、教育和培训工作。

（三）行政审批科。负责水务局行政审批工作以及行政审批事项的组织、协调和衔接；负责协调联系涉及行政审批业务科室，在办理时限内对项目进行催办、督办，审批过程进行监督；负责行政审批事项的动态管理和标准化建设；负责行政审批事项的受理、踏勘、审查、送达等工作；负责行政审批制度改革工作。

（四）财务科。负责组织编制部门预算，承担财务管理和资产管理工作。负责水利工程及滇池治理建设项目资金的管理和监督；指导局属单位财务工作；建立健全相关台账，按时按质报送各类财务报表；积极配合区财政、审计、税务及上级主管部门的检查、审计工作。

（五）规划建设管理科。负责组织拟定全区水利发展总体规划、中长期规划、年度计划；负责拟定全区水利工程建设年度计划；负责组织小型水利工程基建初步设计审查、审批工作；负责区管水利工程建设管理和验收工作；监督执行水利行业技术规程和规范；负责全区水利工程建设招投标备案及监督工作； 负责贯彻落实区滇中引水工程建设管理领导小组关于工程的重大决策、部署、督促、检查有关决定事项的落实；指导、组织、协调涉及乡镇、部门配合市滇中引水办统筹协调主干渠、支次渠、水厂、供水管网等建设征地、移民安置，以及有关土地、林地、环保等手续的报批工作；组织协调推进滇中引水晋宁段二期工程相关前期工作和工程建设管理工作，研究提出工程建设与运营管理的有关政策和管理办法，起草有关法规草案；负责水利统计工作。

（六）供水管理科。组织编制全区城乡供水发展规划和年度计划，并指导实施；负责指导、协调和监督城乡年度供水计划的实施；负责全区供水行业监督管理工作，协助政府价格主管部门做好城乡供水价格管理工作；指导、监督供水行业的服务质量；配合相关部门做好供水企业经营许可的申报及审查工作，跟踪督促经营许可整改计划的实施；负责协调城市建设中的供水管网管线改、扩建工程，参与城市公共供水工程前期工作的审查和竣工验收，并对投入使用的城市供水工程进行监督检查。

（七）滇池项目管理科。负责依据《云南省滇池保护条例》等法规规章对滇池三级保护区范围内新、改、扩建项目进行审查，并报昆明市滇池管理局备案，对滇池一、二级保护区范围内新、改、扩建项目进行初审，并按审批权限报昆明市滇池管理局审查；组织开展或参与滇池治理工程项目建议书、可行性研究报告、初步设计及施工图设计审查等工作；负责滇池保护治理项目的统筹协调、监督跟踪工作；组织或参与对滇池污染治理项目竣工验收；负责上级部门安排的滇池水环境综合整治项目工作。

（八）滇池生态管理科。负责制定滇池保护综合治理年度目标任务，拟订《滇池流域水环境综合治理目标责任书》;负责起草滇池流域治理工作考核办法，并依据考核办法对有关单位完成滇池保护综合治理目标任务进行考核；负责贯彻执行《云南省滇池保护条例》等有关法规、规章及规范性文件；组织开展滇池保护治理宣传工作；负责入滇河道的督促检查工作；负责滇池湖滨生态湿地管护的监督管理工作；负责滇池流域集镇、村庄生活污水收集处理设施监督管理工作；协调有关部门单位履行滇池保护职责。