射雕英雄传

《九阴真经》自创成之后，就被黄裳藏在一个神秘的所在。《九阴真经》分为上、下两册，上册的内容是黄裳从“万寿道藏”中领悟的道家内功基础要旨，下册的内容则是天下各个门派的武功招式记录及其破解方法。

直至两宋之间的时代，《九阴真经》出世，由于真经载有破解各大门派武学的方法，更是天下武学总纲，遂引起江湖群雄的争夺，掀起一番腥风血雨。

全真教掌教王重阳为免江湖仇杀不断，提出“华山论剑”，胜者为“天下第一高手”，并可拥有《九阴真经》。东海桃花岛岛主黄药师（东邪）、西域白驼山山主欧阳锋（西毒）、南诏大理国皇帝段智兴（南帝）、北方丐帮帮主洪七公（北丐）应邀而来，经历七日七夜的论剑，四大高手均被王重阳折服，推王重阳为“天下第一高手”。

王重阳取得真经上下册，将之藏于蒲团之下，未有修习真经武学，并要求全真教门下，不得习练其中武学。

王重阳在将死之前，发现西毒欧阳锋在终南山出没，意欲盗取真经，遂假装逝世，引欧阳锋来袭，乘机以附有先天功的一阳指损伤欧阳锋的蛤蟆功功力。再将《九阴真经》交给师弟老顽童周伯通保管。

周伯通为遵循王重阳遗愿，决定藏匿《九阴真经》，他将上册经书藏好后，欲将下册经书带到南方藏匿时，路遇黄药师和冯蘅。周伯通与黄药师打赌而败，将《九阴真经》下册借给黄夫人观阅。不曾想黄夫人有过目不忘的记忆力，竟将《九阴真经》下册的内容全部记下，又欺骗周伯通经书为假，让周伯通自毁《九阴真经》下册的原本，而黄夫人回岛后立即依靠记忆力默写出下册经书的内容，交给黄药师。

因仅有下册，习之有害，于是黄药师并未练习《九阴真经》下册中的内容。后来黄药师的徒弟梅超风、陈玄风偷走黄夫人手书的《九阴真经》下册出岛，两人根据经书上的武功，自创“九阴白骨爪”和“摧心掌”，成为名震江湖的“黑风双煞”。黄夫人为解黄药师之愁，强撑再次默写《九阴真经》下册，但是未能成功，却因心智耗竭，难产而逝。

周伯通得知被黄药师夫妇欺骗，自带《九阴真经》的上册到桃花岛讨要说法，因武功不敌黄药师，周伯通被黄药师关押在桃花岛长达15年，但始终没有将经书上册交于黄药师。

陈玄风为方便携带《九阴真经》下册，将其内容刺在自己胸口皮肤上，并毁掉黄夫人的手抄本。后来在蒙古大漠，陈玄风被6岁的郭靖无意中刺杀，梅超风将陈玄风的尸体抱走后，取走陈玄风胸口皮肤刺刻的《九阴真经》下册。

12年后，郭靖与江南七怪来到中原，在太湖归云庄大战之时，江南七怪之妙手书生朱聪施展绝技“妙手空空”，成功从梅超风身上盗得印有《九阴真经》下册的陈玄风人皮并交给郭靖。。

后来郭靖登上桃花岛，遇被关押的周伯通，被周伯通认出陈玄风的人皮即为《九阴真经》下册。周伯通一方面为能一睹真经武功的威力，一方面为戏弄对《九阴真经》深感厌恶的郭靖，竟欺骗郭靖练习真经上的武功，将自己拥有的《九阴真经》上册，陈玄风人皮上的《九阴真经》下册全部教授给郭靖，《九阴真经》中有甚多意义难名的文字，周伯通更要郭靖背下全文，郭靖不得不以死记硬背的方式将《九阴真经》全篇背下。

桃花岛招亲考试中，郭靖依靠周伯通强制要求背诵的《九阴真经》，赢下第三场比试，却被欧阳锋、欧阳克、黄老邪发现问题，随后更被周伯通大开玩笑嫁祸。

黄老邪追逐周伯通，周伯通将《九阴真经》上册的原本、印有下册的陈玄风人皮尽数销毁。自此，《九阴真经》的书本彻底不复存在，唯有周伯通、郭靖能够背诵全篇经书内容。随后欧阳锋想方设法抓到郭靖，逼迫其默写《九阴真经》。在洪七公的建议下，郭靖篡改了部分经文，写了一部“九阴假经”给欧阳锋。

铁掌峰时，黄蓉被裘千仞打伤，郭靖携黄蓉求见南帝段智兴（一灯大师），得天竺僧翻译《九阴真经》中的梵文内容，段智兴、郭靖分别习得《九阴真经》中的“总章”。

后为了帮助洪七公，郭靖、黄蓉又将《九阴真经》的总纲传授给他。

铁枪庙事变后，黄蓉被欧阳锋抓走要求默写和翻译《九阴真经》。随即逃脱，蒙古西征后，因郭靖未按照约定取消婚约，黄蓉出走，途中再次被欧阳锋抓住。在欧阳锋的逼迫下，黄蓉将“九阴假经”上的内容倒着默写和翻译给欧阳锋，致使欧阳锋逆练《九阴真经》。

二次华山论剑，郭靖黄蓉重逢。但最后欧阳锋逆练“九阴假经”成功，击败郭靖、黄药师、洪七公成为天下第一。

神雕侠侣

林朝英死后，王重阳进入古墓，得知《玉女心经》的存在，为破心经，王重阳便将破解心经的九阴真经武学刻在其上。虽然所刻内容仅是真经中的少部分，却让日后杨过、小龙女练得九阴真经武学。由杨过所创的绝技“黯然销魂掌”也渗合部分《九阴真经》衍生启发而创。

及后，郭靖所守的襄阳城被攻破，城破之前，黄蓉将黑风双煞的武功作为九阴神功的速成版写入《九阴真经》，藏在倚天剑内，传之后世。

倚天屠龙记

周芷若使计偷得倚天剑和屠龙刀，刀剑互劈，获得剑中秘籍。在“屠狮大会”上，周芷若就凭九阴真经上的武学，加上张无忌心软大意，成功取得“天下第一高手”的名衔。

周芷若把一些九阴真经武学也教予宋青书，宋青书却被武当俞莲舟所杀。

杨过后人黄衫女出世，依靠古墓中所刻的正统《九阴真经》打败周芷若的速成版。

后周芷若的九阴内力，与张无忌的《九阳真经》相遇，被尽数化去。最后，周芷若被玄冥二老所伤，赵敏由周芷若身上盗得屠龙刀和倚天剑内秘藏之物。九阴真经最后落在张无忌手上。

金庸在新修版《倚天屠龙记》更记载了一件有关《九阴真经》的事，指王重阳与一名曾为儒为道为僧的人赌酒而败，该人因此获得披阅《九阴真经》的机会，启发了他萌生刚柔并济的概念，于是后躲进少林寺，结合佛 道相参，写下《九阳真经》。