学校前身可追溯至北宋景祐二年（1035年）范仲淹创建的苏州府学。

其后，历南宋、元、明、清各朝均有沿袭与发展。

清康熙五十二年（1713年），江苏巡抚张伯行在府学内尊经阁后创办紫阳书院。

光绪二十八年（1902年），清政府改紫阳书院为校士馆。

光绪三十年（1904年），校士馆停办，江苏巡抚端方在府学原址扩建江苏师范学堂，专门为中小学校培养合格师资。

民国元年（1912年）1月，江苏省公署颁令改江苏师范学堂为江苏省立第一师范学校。

民国十一年（1922年），学校增设专科师范文理科各一班。

民国十二年（1923年），在吴江创办农村分校及其附小。

民国十四年（1925年）9月，学校校内建立中共党团组织。

民国十六年（1927年）6月，江苏省教育厅颁令合并省立一师、省立二中（草桥）、苏工专高中部及补习班，以省立一师三元坊原址为本部（高中部），草桥为分部（初中部），组建为第四中山大学区苏州中学。

民国十七年（1928年），学校更名江苏省立苏州中学。

八年抗战中，学校七迁校址，二易校名。初迁宜兴毫阳，苏南沦陷后，迁校上海租界复学。

太平洋战争爆发后，沪校迁至宜兴、常州，转入地下。在宜兴之校，名私立弘毅中学；在常州之校，名私立青云中学。

民国三十四年（1945年）10月，学校在原址复校。

新中国成立后，学校更名为苏南苏州中学。

1952年，草桥初中部并入市一中；同时，东吴大学附中高中和景海女师并入苏州中学，改称江苏省苏州高级中学。

1953年，被确定为江苏省重点高级中学；同年，被教育部确定为全国首批24所重点中学之一。

1959年，学校被评为全国先进学校，成为全国文教群英会的先进单位之一。

“文化大革命”期间，学校遭到严重破坏，先后易名“东方红战校”、“东方红丝织厂战校”、“苏州市第九中学”。

1978年，正名为江苏省苏州中学，再次定为江苏省重点中学。

1985年9月，学校与中国科学技术大学联合创办了“大学少年班预备班”。

1996年，以初中为主体，创办苏州立达中学（2005年改制为国有控股的股份制苏州立达学校）。

1997年，学校通过了首批国家级示范性普通高中的省级试验收。

2003年，创办江苏省苏州中学园区校。

2004年，学校被评定为江苏省四星级普通高中。

2017年6月，学校通过江苏省四星级普通高中复审。

2018年5月，江苏省苏州中学教育集团成立，集团由江苏省苏州中学校（含江苏省苏州中学园区校、江苏省苏州中学校附属苏州湾学校）、苏州市立达中学校、苏州市胥江实验中学校、苏州市沧浪中学校、苏州市拔尖创新人才培养基地构成。

2019年7月，学校入选江苏省高品质示范高中首批建设立项学校名单。

2020年7月，江苏省苏州中学相城实验项目签约。

2021年5月，江苏省苏州中学附属苏州湾学校举行揭牌仪式。

2021年11月，苏州市自然资源和规划局官网公示了江苏省苏州中学校东校区改造工程项目。

2025年2月13日，江苏省苏州中学校正式启用正谊校区（东校区），高三年级全体学生在新校区打开新学期。