南宋淳祐元年（1241年），爱国丞相江万里在吉州任知军在白鹭洲上构筑精舍，创办书院，设坛讲学，延请名儒欧阳守道（曾任岳麓书院副山长）出任山长。

宋元时期，白鹭洲书院以弘扬理学、培养忠节济世之才为教育宗旨。

明清时期，书院成为阳明心学交流传播中心。

清光绪年间（1903年），白鹭洲书院改为吉安府中学堂，开启西式教学。

中华人民共和国成立后，书院继续办学。曾用校名“省立吉安一中”“吉安高级中学”。

1976年，改名为“吉安市第七中学”。

1982年，更名为“白鹭洲中学”，此后一直沿用至今，同年恢复为江西省重点中学。

2001年，（2000年吉安地区撤地设市后）白鹭洲中学上划吉安市委、市政府领导。

2010年，始建白鹭洲中学城南校区。

2013年，城南校区投入使用，由此形成了“一校两区”的办学格局。老校区恢复初中部办学。同年8月，鹭岛图书馆开工建设。

2018年11月28日，白鹭洲中学城南校区图书馆正式投入使用，学校在图书馆前举行了 “鹭岛图书馆”开馆仪式。

2021年，学校被评为“江西省第二批普通高中特色学校”。

2022年11月20日上午10点，吉安市白鹭洲中学隆重举行鹭洲校区祖荫楼揭幕仪式。