1956年8月，江西省林业科学研究所在南昌市郊梅岭成立，隶属于江西省林业厅。

1961年4月，更名为江西省农林垦殖科学研究所，并与共产主义劳动大学总校合并，但保留两个机构。在行政和业务上，江西省农林垦殖科学研究所仍受江西省农垦厅直接领导。

1968年10月，撤销江西省农林垦殖科学研究所。

1972年5月，在江西省靖安县重新设立江西省林业科学研究所。

1972年12月，由靖安县迁回南昌市梅岭，并改名为江西省农林垦殖科学研究所。

1980年5月，江西省农林垦殖科学研究所复名为江西省林业科学研究所。

1997年5月，江西省林业科学研究所更名为江西省林业科学院。

2000年10月，升格为省政府直属副厅级事业单位，归农口管理，业务指导归口省林业厅。

2025年5月16日，江西省林科院与黎川县人民政府在黎川县举行战略合作协议签约仪式。

2025年7月3日，江西省林科院抚州林业创新中心和江西省林科院博士工作站正式挂牌成立。