根据以上任务，市科协机关内设3个部、室。

（一）办公室

负责机关文秘、会务、档案、信访、统计、保卫、财务、计划生育和后勤服务工作；编发《科协工作》。

（二）学会部（组织人事部）

组织协调综合性、多学科重点学术研讨和重大项目论证；负责市级学会的审批、组织管理、业务领导和日常联络工作；指导县区学会工作；与有关部门联合组织开展自然科学优秀论文评审、优秀科技人才的评选及表彰工作；配合有关部门做好继续教育工作；负责对外学术、科技交流工作；编印《专家建议》。

负责市科协的组织建设以及宣传工作；参与有关科技政策、法规的制定；规划、协调科协系统专职干部的教育培训；维护科技工作者的合法权益；组织科技专家开展联谊活动；负责科协系统的表彰和宣传工作；负责管理科协机关的人事、党务、离退休人员服务工作。

（三）普及部

联系、协调和指导全市科协系统的科学技术普及工作；组织实施科技培训、科技宣传、科技推广、科技开发；负责指导科普网络和科技活动场所的建设；指导全市企业科协工作和农村专业技术研究会的工作。