2008年9月，济宁高新区管委会借用济宁科苑小学两间教室开设两个小学国际班，开始筹建“高新区国际学校”。

2009年9月，“高新区国际学校”正式成立，小学部初步设立。

2010年2月，学校更名为“济宁外国语学校”，小学部发展壮大。

2012年9月，学校开始设立初中年级。

2013年9月，学校搬迁至海川路校区，更名为“济宁孔子国际学校”。附属幼儿园开园、初中部正式成立。

2014年9月，学校成立高中部，幼儿园、小学部、初中部及高中部全面建成，形成完整的十五年一贯制教育链条。

2022年1月，学校更名为“济宁孔子学校”，将十五年一贯制办学单位分割为幼儿园、义务教育学校及高级中学三家单位，“济宁孔子学校附属幼儿园”、“济宁孔子学校”、“济宁孔子高级中学”作为相互独立的三家办学单位，分别开展教育教学工作。