截至2019年12月，林芝市发展和改革委员会共设16个内设科室，包括：

1·办公室

2·发展战略和规划科（政策法规科、体制改革综合科）

3·国民经济综合科（经济运行调节科）

4·固定资产投资科（评估监督科、市重点项目协调领导小组办公室）

5·地区经济振兴科（区域开放和合作科、市推进“一带一路”建设领导小组办公室、市受援办）

6·农村经济科（资源节约和环境保护科）

7·基础设施和产业发展科

8·能源办

9·社会发展和就业收入分配科

10·经济贸易和消费科（财政金融科、社会信用和营商环境建设科）

11·价格科

12·铁路和民航建设协调科

13·粮食物资政策和应急保障科（统计监测科、监督管理科）

14·粮食和物资储备科

15·招商引资科

16·政工人事科