根据上述职责，市人民防空办公室（市交通战备办公室）设3个内设机构：

综合科

负责机关文电、会务、机要、档案、信访、财务、督查督办、安全保密、信息、社会治安综合治理、后勤保障、议案建议及提案办理、目标管理、综合性文稿起草、机构编制、人事、政策法规、宣传、培训等工作；指导人防工程平时开发利用工作；负责政务服务工作。

人防业务科

拟定人防工程总体规划和年度计划并组织实施；承担人防工程建设监督管理工作；负责结合民用建筑修建防空地下室项目、设计的审批、质量监督和竣工验收工作；拟定和提出人防工程经费的计划安排建议并实施监督；指导人防工程维护管理工作；负责防空地下室易地建设费和平战结合使用费的收取、监督管理工作；负责人防通信、警报所需经费、器材、物资的计划安排；指导全市人防通信、警报设施的建设、使用、维护和管理工作。

交通战备科

拟定国防交通工作实施意见和办法；拟定国防交通网络布局、交通运输、基本建设的规划、计划和国防交通保障计划；承担国防交通保障队伍的组织工作；承担市内军事行动和其他紧急任务的交通保障工作；指导、检查和督促有关部门落实国防交通物资储备和更新工作；承担国防林材的管理工作。