（一）办公室。负责局机关日常运转，承担文秘、规范性文件合法性审核、宣传、政务公开、目标考核、信访、会务、机要、保密、档案、政府采购、财务、后勤等工作；负责人事管理、机构编制、离退休干部服务管理等工作；承担人大建议、政协提案办理的综合协调工作；组织编制全区交通运输资金年度预决算；负责交通运输专项资金内部审计；指导交通运输行业的财务与审计工作。指导全区交通运输行业法制工作；负责行政复议、行政应诉等相关工作。监督指导交通运输综合行政执法。承担普法宣传教育工作。承担全区国防交通和交通领域军民融合相关工作。

（二）管理科。组织拟订道路、水路运输行业发展规划；指导全区城乡公交班线、长途客运班线和旅游客运班线的调整和优化工作；协调重点物资、紧急物资运输和春运、抢险救灾、军运工作，参与口岸开放、联合运输协调工作；维护运输行业平等竞争秩序，指导道路、水路运输行业管理；指导全区道路、水路运输行业安全生产和应急保障工作。负责渔船检验和监督管理。承担综合交通信息化和数据资源管理工作。

（三）建设科（挂行政审批科牌子）。组织拟订综合交通运输体系发展战略、专项规划、年度计划；提出全区公路、水路建设年度投资计划的意见；组织交通建设工程项目建议书和可行性研究报告的编制、审查工作；指导交通运输枢纽规划和管理。组织公路、水路工程项目的施工许可和竣工验收；负责交通建设招投标、资质、信用管理。负责交通建设项目质量安全、试验检测、监理等监督管理。监督指导全区交通基础设施的建设、养护和管理工作。负责行政许可和非行政许可事项审批办理工作；参与行政审批有关技术审查工作，并负责综合协调落实；参与“最多跑一次”改革工作。