根据上述职责，市交通运输局设5个内设机构：

（一）办公室

负责机关文电、会务、机要、档案、信访、安全保密、信息、统计、后勤保障、议案建议及提案办理、目标管理、综合性文稿起草和外事等工作。

（二）财务科

负责专项资金、非税收入、外汇、信贷、利用外资、政府采购初审等有关工作；编报本部门预算、决算，负责机关财务会计制度建设、资金（资产）管理与监督工作；指导交通运输业会计核算、财务管理工作。

（三）安全法规科

负责全市水上交通安全和交通企事业单位的安全生产监督管理工作，拟定行业安全生产、劳动保护规章制度并监督执行；对安全事故进行统计分析，参与重大事故的调查处理；负责交通运输业行政执法、行政复议、行政应诉、政策宣传、咨询、社会治安综合治理和有关规范性文件的合法性审核工作；指导交通行业的法制建设工作；负责政务服务工作。

（四）计划建设管理科

拟定交通运输行业发展规划，编制交通运输中长期发展规划和年度计划，并对交通基础设施建设、养护计划执行情况进行监督检查；负责全市交通建设项目的行业审查和报批工作；监管全市公路、水路交通基础设施建设市场；负责交通养护技术、质量、工程技术标准、规范、定额等管理工作；承办勘察、设计、施工、工程咨询监理单位的资格审核及管理工作；负责交通工程建设项目的竣工验收和交通行业统计等工作；实施重大交通科技项目攻关、技术引进和开发、科技成果鉴定、推广应用等工作；指导农村公路建设工作。

（五）人事教育科

负责局机关及所属单位的机构编制、人事、培训工作；会同有关部门抓好专业技术职务评聘以及交通行业技术工人等级标准、培训考核、技术考评工作；指导交通运输业成人教育、职业技术教育和体制改革工作，负责拟定系统人才需求计划以及智力引进等工作。

直属机关党委 负责机关及所属单位党群工作和目标绩效管理工作。其职责由相关科室承担。

纪检监察机构 市纪委派驻市交通运输局纪检组，市监察局派驻市交通运输局监察室。