现如今灵山寺还有一口井，取名叫藏龙井，这是朱元璋曾经躲过的井。前来朝拜的人们，都会取井中水，用来冲洗一下自已的双手。把自已的霉运冲掉，留下好运连连。

明洪武三年（1370年），明太祖·朱元璋往该寺降香，此为第3次上灵山寺，敕封住僧为金碧禅师，改名“圣寿禅寺”，并亲题匾额。同时还赐给这座寺院“半副銮驾”、金瓜、钺斧等仪杖，寺脊上装有龙头凤尾，称为“皇庙”。

清康熙51年（公元1712年），灵山寺住持杲英赴印度研究佛学，带回梵石释迦牟尼造像及十八罗汉造像等，并对该寺再次重修。1962年，印度总理尼赫鲁专程拜谒灵山寺杲英墓。灵山寺在印度和东南亚国家中颇有声望。1962年，印度总理尼赫鲁访华期间，曾提出往该寺瞻仰，因当时交通不便，末能成行。