湖滨新区的前身可追溯至2002年创办的宿迁市骆马湖现代生态农业示范区，经过多次变革，于2013年06月，更为宿迁市湖滨新区，简称“市湖滨新区”或“湖滨新区”。

2002年04月，设立宿迁市骆马湖现代生态农业示范区，托管宿豫区晓店镇（现晓店街道）的新站、湖滨、周庄3个行政村居。

2005年12月，骆马湖现代生态农业示范区经江苏省外贸厅、江苏省农林厅批准为“江苏省骆马湖外向型农业示范区”。

2006年02月，为加快实施宿迁中心城市“引湖纳山”战略，宿迁市人民政府在宿迁市骆马湖现代生态农业示范区的基础上，设立宿迁市湖滨新城，晓店镇整建制和嶂山林场整建制划入托管。

2007年12月，宿迁经济开发区北区划入湖滨新城。

2008年05月，宿迁经济开发区北区更名为宿迁市重点工业区。

2009年01月，设立祥和社区。

2011年07月，宿豫区的井头乡、彩塑工业园划入湖滨新城托管，宿迁市重点工业区划归宿豫区；10月，宿豫区的皂河镇划入湖滨新城托管。

2013年06月，宿豫区的黄墩镇划入湖滨新城托管，同时湖滨新城更名为湖滨新区。

2021年03月，湖滨新区所托管的区划发生变更，黄墩镇并入皂河镇，晓店、井头改建制为街道，嶂山林场未作变更。

2023年7月24日，宿迁骆马湖国家级旅游度假区正式揭牌，成为全省第7家、苏北首家国家级旅游度假区。