根据上述职责，区交通运输局设4个职能科室:

（一）办公室（挂行政许可科牌子）

负责管理局机关和局属单位的机构编制、组织、人事、劳动工资，协调局机关的政务工作；负责文秘、会务、信息、信访、机要、保密、档案、安全保卫和机关后勤行政管理；组织起草重要综合性材料和制定机关内部规章制度；负责指导全区交通精神文明建设、队伍建设、岗位培训、专业技术人员管理的相关工作；指导局属单位的党群工作；牵头组织开展新闻宣传信息工作；负责局机关固定资产管理及计算机网络的安全运行管理工作；负责区党代表、人大代表建议、区政协委员提案的办理；负责组织交通工作目标责任制考核；承担法律法规赋予区交通运输部门行政许可事项的审核、审批职能。做好系统群团管理工作；负责局机关离退休人员的管理服务工作，指导局属单位离退休人员管理服务工作；指导行业维稳、社会治安综合治理、平安建设和流动人口计划生育管理。负责区交通运输局及局属单位的行政监察工作。指导全区交通运输系统的行政监察工作和反腐倡廉建设；做好相关统计工作。

（二）法制科

指导全区交通运输行业的体制改革、法制科研、技改和节能减排工作；组织拟订交通运输相关政策，起草有关交通运输行政管理的规范性文件；负责交通运输系统的执法监督和行政复议、应诉工作；负责治理公路、水路“三乱”工作；负责全区交通运输行政执法证的审核、监督和管理工作；组织拟订交通运输行业科技技改计划；负责交通运输技改项目的审查、监督工作；管理交通运输科技项目、科技成果的推广应用和交通运输科技情报工作。

（三）运输管理科

组织拟订有关道路运输、水路运输和参与拟订物流行业政策、制度和标准；协调重点物资、紧急物资、抢险救灾物资运输和春运、军运工作；负责道路运输、水路运输、城市客运、出租车的行业管理，维护运输行业公平竞争秩序；指导城乡客运有关设施的规划和管理；指导协调交通物流等有关服务业工作；组织全区性综合交通运输应急保障，拟订并监督实施应急保障预案，指导应急处置体系建设；指导道路运输行业的安全生产管理，组织有关的安全生产大检查，依法组织或参与交通事故的调查处理工作。

（四）建设管理科

组织编制、实施和检查交通基础设施建设项目年度建设计划；组织协调公路、陆岛交通码头工程项目建设，负责限下项目初步设计审查、审批和限上项目的审查、报批；参与或组织公路、水路工程项目交工、竣工验收；会同有关部门管理交通工程施工企业及其人员的资质，维护交通基础设施建设市场秩序；指导交通基础设施建设项目的质量技术监督、监理和造价定额工作。