一、办公室

负责有关文件起草，编发信息、简报，处理机要文电。负责档案管理、保密工作、财务后勤、计财装备、技术保障、新闻宣传等工作。协助院领导处理检察政务，组织协调重要工作部署、决策的贯彻实施。

二、政治部

负责思想政治工作、意识形态工作和组织人事工作。负责退休干部服务管理工作。协调本院工会、共青团、妇女等群众组织工作。

三、第一检察部

负责危害国家安全、危害公共安全、侵害公民人身权利、民主权利、侵犯财产权利、妨害社会管理秩序、危害国防利益等六类犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。办理相关刑事申诉案件。

四、 未成年人检察部

与第一检察部合署办公，负责未成年人检察工作。　

五、第二检察部

负责办理破坏社会主义市场经济秩序犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。负责监察委员会移送的职务犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关审判监督以及相关案件的补充侦查。办理相关刑事申诉案件。　　

六、第三检察部

负责对辖区内社区矫正机构等执法活动的监督，对刑事判决、裁定执行、强制医疗执行、羁押和办案期限的监督，羁押必要性审查。

七、第四检察部

负责对法院民事、行政诉讼活动的法律监督，对审判监督程序以外的其他民事、行政审判程序中审判人员的违法行为提出检察建议，对民事、行政执行活动实行法律监督，开展民事支持起诉工作。负责办理公益诉讼案件。办理民事、行政和公益诉讼申诉案件。

八、第五检察部

负责办理涉网络新型犯罪案件和涉自贸区刑事案件，依法打击江东新区内破坏市场秩序的经济犯罪、利用职权侵犯新区企业合法权益的职务犯罪，强化对涉及新区企业和经济主体诉讼活动的法律监督。

九、第六检察部（海口市美兰区人民检察院检察服务中心）

负责案件管理、法律政策研究、检务督察和人民监督工作等综合业务工作。负责受理控告和申诉，承办国家赔偿案件和国家司法救助案件。

十、司法警察大队

与第六检察部合署办公，负责办案场所警戒、人员押解和看管等警务事项。

十一、灵山检察室

派驻乡镇检察室是基层检察院派驻乡镇的工作机构，是基层检察院的组成部分，主要负责对公安派出所、人民法庭、司法所的司法活动开展法律监督。发现和收集公益诉讼案件线索。经检察长批准，参与办理辖区公益诉讼案件。对基层行政职能部门的执法活动开展法律监督。开展法制宣传教育，化解涉检矛盾纠纷，维护基层社会和谐稳定。