2006年，被最高人民检察院授与“全国集中处理涉检信访先进单位”，2008年，被中央政法五部门授与“全国核查纠正监外执行罪犯脱管漏管专项行动先进集体”，公诉科连续两年被授予全国“优秀学习型班组”，多个办案组被荣记二等功、三等功，涌现出全市 “优秀共产党员”、“直辖十年有突出贡献检察干警”、“十佳职侦局局长”、“十佳侦查监督检察官”、“十佳公诉人”， “优秀公诉人”“优秀控申举报接待员”，首创《监外罪犯刑罚执行流程卡制度》，在全市政法系统推广实施。2010年度被市检察院命名为首批规范化建设检察院"，2013年，分别荣获全市、全国先进基层检察院荣誉。2015年度在市人社局和市检察院评选表彰重庆市检察系统先进集体和先进个人的活动中被评为先进集体。2016年，被最高人民检察院确定为“最高人民检察院 检察调研工作基层联系院”，被市委宣传部、市人社局、市司法局联合表彰为2011-2015年重庆市法治宣传教育工作先进集体。在2016年度全市检察机关宣传工作先进单位和先进个人评选中，被评为“全市检察宣传工作先进单位”。2017年，被市财政局评为“2017年度财务管理工作一等奖”。

2021年12月，重庆市南岸区人民检察院检察六部被全国妇联授予“全国维护妇女儿童权益先进集体”荣誉称号。