1999年，南京经济学院红山学院经江苏省教育厅批准建立，为公有民办二级学院。

2003年，经教育部批准，南京经济学院更名为“南京财经大学”，学校遂更名为“南京财经大学红山学院”。

2005年，学校经教育部批准，确认为独立学院。

2019年2月2日，学校举办方变更为“南京财经大学、安徽新华投资集团有限公司”。

2020年5月，学校高淳校区开工建设。

2024年8月，学校高淳校区启用，原桥头校区整体搬迁至高淳校区，学校办学地址由“江苏省镇江市桥头镇”变更为“江苏省南京市高淳区鹿鸣大道66号”。