南昌动物园最早的雏形可追溯到20世纪五十年（1950年）代初最初是一个文化局管理之下带有江湖卖艺色彩的动物驯养团。

1959年迁入人民公园成为该园的一个动物展区。

1987年经济上宣告独立，成为人民公园的“园中园”。

1992年，南昌动物园从人民公园中完全独立出来正式开园，南昌市政府决定投资3·8亿元人民币，对动物园实施整体搬迁。

2005年动物园迁建工程正式启动。

2011年，南昌动物园在朝阳洲重新开园林。

2022年11月12日起，南昌动物园海洋馆恢复开馆。

2023年8月1日起，南昌动物园对退役军人免票。