1964年—1970年 直属地质部

1964年，党中央毛主席决定修建成昆铁路，确定由地质部负责铁路线路工程地质勘察。地质部决定成立两个地质大队，队名以金沙江命名，江北为北江大队，江南为南江大队，南江大队负责渡口至昆明段线路工程地质勘察任务。直至1969年底，南江大队顺利完成成昆铁路勘察任务后，进入四川省。

1970年—1999年 隶属四川省地矿局

1970年7月1日，成昆铁路全线通车。南江大队从金沙江边撤出，于7月底搬迁至新基地——合川白鹿山，队名更为“四川省地质局南江大队”。1977年，大队更名为“四川省地质局南江水文地质大队”；1983年，再次更名为“四川省地质局南江水文地质工程地质队”；1984年，因省局名称更改，队更名为“四川省地质矿产局南江水文地质工程地质队”；1986年8月26日，随省局名称更改，队更名为“四川省地质矿产勘查开发局南江水文地质工程地质队”，直至1999年6月。

1999年至今 隶属重庆市地矿局

1997年6月，重庆直辖市成立。1999年，地勘单位实行属地化管理，重庆市地质勘查开发总公司于当年6月成立，原四川省地质矿产勘查开发局所属的六个地勘单位，统一划归重庆市地质矿产勘查开发总公司管理。队名更为“重庆市地质矿产勘查开发总公司南江水文地质工程地质队”。隶属：重庆市地勘总公司。

2004年4月，重庆市地质矿产勘查开发总公司升格为正局级并更名为重庆市地质矿产勘查开发局，南江地质队再次更名为“重庆市地质矿产勘查开发局南江水文地质工程地质队”，隶属：重庆市地质矿产勘查开发局，运行至今。