南平市公安局内设13个职能科（室）。其中：办公室、政治部为副处级。

（一）办公室

掌握全市公安情报信息和重大敌情、社会治安情况，并进行先期处理；根据局党委和局领导的要求，向局直各部门、所属各支队和各级公安机关下达指示和命令；统一指挥、调动所属支队警力协同作战，负责情况调研、情况综合分析等辅助决策任务，发挥参谋作用；同时承担文秘，信访、档案、史志、保密和警察协会等项任务。

办公室内设公安局指挥中心、综合调研室和信访科，均为正科级。

（二）政治部

负责指导全市公安机关的政治思想工作和开展各项队伍建设活动；主要负责队伍管理、人事、教育训练、宣传和离退休干部工作以及人民警察培训学校的日常工作；协同地方党委管理县（市）公安局领导班子；配合市见义勇为基金会开展表彰宣传活动。

政治部内设队伍管理科、人事科、教育训练科、宣传科、离退休干部工作科，均为正科级。

（三）警务督察室

承担市公安局督察委员会办事机构职能，指导、监督全市各公安机关的警务督察工作，实施对全市公安机关及人民警察依法履行职责、行使职权和遵守纪律情况的监督。

（四）装备财务科

负责全市公安机关业务经费及其它专款的管理、划拨工作；制定局机关及全市公安经费、装备的长远规划、年度计划；负责对全市公安装备、被装及警衔标志的购置、管理和调拨；对全市各级公安机关业务经费使用情况进行审计、监督、检查；负责局机关的财务、车辆、基建设施和机关事务管理等工作。

（五）监所管理科

指导全市看守所、治安拘留所、收容教育所、强制戒毒所等强制场所和人员的管理、教育转化工作，配合办案，深挖犯罪；掌握羁押情况，检查指导收押场所安全防范工作；规划和指导监所设施、装备和技术建设，配合有关部门建立经费保障机制，保证监所经费的专款专用；查处监所重大责任事故和事件；负责监所规章制度的监督检查落实。

（六）出入境管理科

组织实施出入境管理法律、法规；指导、承办我市居民因私出国（境）审批发照工作、国籍管理工作；承办延平区和指导县（市）公安机关管理到我市的外国人、华侨、港澳台居民等境外人员；指导、承办、监督持普通护照的外国人和中国公民违反出入境管理法律、法规案件的查处工作；负责本市公安机关对各国驻华使领馆照会联络事宜及与我国驻外使领馆的联络处理涉及我市公民权益等有关事务；承担全市因私出境证件的制作。

（七）信息通信科

负责全市公安系统信息通信网络建设的发展规划，指导和管理有关技术建设工作；制定全市公安机关公共信息网络和公安综合信息中心的总体规划，组织实施全市公安公共信息网络的建设和运行管理工作；指导全市公安机关公共信息网络的开发和推广。对全市公安信息通信部门进行技术指导、人员培训；负责保障公安信息通信网络的正常运行，保障局机关、指挥中心电话、图像、会议等技术服务；担负局机关信息通信的值班任务和密码通信工作；提供无线通信、密码通信等应急通信保障；维护修理机关信息通信设备。

（八）公共信息网络安全监察科

承担全市公共信息网络和国际互联网的安全保护工作，指导全市公安机关开展公共信息网络安全监察工作，负责互联网信息监控和侦控工作；监督、指导党政机关、企事业单位、重点要害部门计算机信息系统的安全保护工作；对全市的信息网络安全产品实行行业管理；承办和指导信息网络违法犯罪案件的查处工作。

（九）法制科

负责规划、指导全市公安法制工作，检查、监督公安执法情况；负责审核市公安局机关的规划性文件；指导各类案件审核和劳教案件的审批；办理公安行政复议应诉和国家赔偿案件；指导开展警察法学研究和公安法制宣传教育。

（十）预审科（略）

（十一）警卫科

负责实施到我市视察的党和国家领导人、重要外宾和省部级主要领导的警卫工作，完成上级交办的其他警卫安全保卫任务。

（十二）户政科

执行户口、居民身份证明的管理规定，指导全市常住人口登记，居民身份证、暂住人口等的管理工作，指导全市人口统计工作和人口信息计算机管理系统的建设，负责全市人口数据汇总，监督和管理居民身份证、边境通行证发放工作。

（十三）对外联络办公室（略）