单位内设机构37个，包括:1·指挥中心；2·警务保障室；3·政治处；4·法制大队；5·公共信息网络安全监察大队；6·刑事侦查大队；7治安管理大队；8禁毒缉毒大队；9·经济犯罪侦查大队；10·国内安全保卫大队；11·警务督察大队；12·看守所（拘留所）；13·交通管理大队；14·案管中心；15·特巡警大队；16·行政审批大队；17·出入境管理大队；18·森林警察大队；19·大观森林派出所；20·南溪派出所；21·仙源派出所；22·罗龙派出所；23·裴石派出所；24·刘家派出所；25·长兴派出所；26·大观派出所；27·黄沙派出所；28·仙临派出所；29·江南派出所；30·马家派出所；31·阳光派出所；32·金竹派出所；33·汪家派出所；34·新添派出所；35·林丰派出所；36·大坪派出所；37·留宾派出所。

南溪区公安分局下属二级预算单位1个，包括：交通管理大队。