纪念馆由于其特殊的地理位置及独特的对外效应，成绩显著，如今，该馆已成为一个全省重要的爱国主义教育基地。1986年以来，连续被省人民政府授予“文明单位”称号；1997年列为第二批全国爱国主义教育基地；中央宣传部又将之列为“全国百家爱国主义教育示范基地”之一。南安市郑成功纪念馆是台湾同胞喜爱的地方，台胞前来者甚多，该馆也成为泉州市对台宣传、联谊、交流的重要窗口和阵地。

2022年3月，入选福建省第七批省级非物质文化遗产代表性项目保护单位拟公示名单。