根据上述职责，宁德市审计局设9个内设机构：

（一）办公室

综合协调处理局机关和直属单位工作，督促重大事项落实；负责文电、机要和档案等机关日常工作；承担安全、保卫、保密、信访、督查、政务公开等行政事务；负责管理审计经费、机关财务和国有资产。负责审计项目的立项管理；审计成果的综合分析与开发利用；草拟修改全局性、综合性审计业务公文；对全市审计信息进行归口管理，办理审计统计、审计宣传、新闻发布、审计结果公告及政府信息公开等事项；承担局人事管理、机构编制、离退休干部、教育培训和审计专业技术职称考评等工作；承办协管县（市、区）审计机关领导干部的有关事项；负责聘任特约审计员和特约审计员业务活动的安排与协调工作。

（二）法规科

负责有关审计业务方面规范性文件的起草工作；审核审理有关审计业务事项；承担局机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担局机关行政复议、行政应诉、网上行政处罚等工作，组织协调对本局及下级审计机关审计业务质量的监督检查；组织实施普法教育；负责协调、配合有关部门参与相关案件查处；负责审计业务协调和监督审计事项整改工作；组织实施特定事项的专项审计和审计调查；负责审计科研，内部审计协会的协调管理工作。

（三）经济责任审计科（市经济责任审计工作联席会议办公室）

组织实施党政领导干部、国有企业及国有控股企业领导人员的任期经济责任审计；起草领导干部任期经济责任审计有关配套规章制度；开展相关专项审计和审计调查；研究制定有关经济责任审计的政策和制度；监督检查、交流通报经济责任审计工作开展情况，协调解决工作中出现的问题；承担市经济责任审计工作联席会议办公室的日常工作。

（四）财政金融审计科

组织审计市级预算执行和其他财政收支情况；组织审计县（市、区）人民政府预算执行、决算和其他财政收支情况；组织审计市国有资本占控股或主导地位的地方金融机构的资产、负债、损益情况；根据上级审计机关授权，审计国有商业银行和非银行金融机构在我市分支机构的资产、负债、损益情况；开展相关专项审计和审计调查；对市级财政、地税部门及其所属单位财政财务收支进行审计。

（五）行政事业审计科

组织审计市级党政群组织、事业单位、社会团体以及市政府驻外机构的财政财务收支情况；开展相关专项审计和审计调查。

（六）经贸审计科

组织审计市级国有企业及市国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债、损益情况审计；根据上级审计机关授权对中央、省属单位和项目的财务收支审计；按照上级审计机关统一组织审计国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支，并提供审计公证报告；开展相关专项审计和审计调查。

（七）农业与资源环保审计科

组织审计市政府农业、环保等主管部门管理的农业专项资金、资源能源、生态环境保护资金和其他各项资金；开展相关专项审计和审计调查。

（八）社会保障审计科

组织审计市政府社会保障主管部门管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障资金、社会捐赠资金；开展相关专项审计和审计调查。

（九）固定资产投资审计科

组织审计市政府投资和以市级投资为主的建设项目的预算执行情况和决算；开展相关专项审计和审计调查。