2018年10月，根据《宁夏回族自治区机构改革方案》，将自治区人力资源和社会保障厅的城镇职工和城镇居民基本医疗保险、生育保险、新型农村合作医疗职责，自治区卫生和计划生育委员会的药品及医用耗材招标采购的政策制定和监督实施职责，自治区物价局的药品、医疗器械和医疗服务价格管理职责，自治区民政厅的医疗救助职责等整合，组建自治区医疗保障局，作为自治区政府直属机构，机构规格为副厅级。

2018年11月12日，宁夏回族自治区医疗保障局正式挂牌。