2001年1月，南京大学工程管理学院前身南京大学管理科学与工程研究院成立，挂靠南京大学社会科学处。

2002年，获批管理科学与工程一级学科博士点、管理科学与工程硕士点。

2003年12月，撤销南京大学管理科学与工程研究院，成立南京大学工程管理学院；获批工业工程和自动化工程本科专业。

2004年，获批设立控制科学与工程硕士点。

2005年，获批物流工程专业硕士点。

2007年，设立金融工程本科专业，获批项目管理与工业工程专业硕士点。

2011年，获批控制工程专业硕士点。

2015-2016年，金融硕士开始招生，创设计算机与金融工程实验班。

2018年，获批工程管理硕士点。

2020年，工业工程专业入选国家一流本科专业建设点。

2021年，计算机与金融工程实验班成为江苏省首个双学位复合人才培养项目。

2022年，创设工业智能与系统集成实验班。