1917年，南京高等师范学校设农科。

1921年，在南京高等师范学校的基础上成立的国立东南大学正式设立畜牧系。

1927年，国立东南大学更名为国立中央大学，称国立中央大学畜牧系。

1949年，国立中央大学更名为南京大学，称南京大学畜牧系。

1952年，全国高等院校调整成立南京农学院，由原南京大学农学院的畜牧兽医系和浙江大学农学院的畜牧兽医系合并成立南京农学院畜牧兽医系，分设畜牧、兽医两个专业。

1983年，畜牧兽医系分开，成立畜牧系和兽医系。

1994年，畜牧系更名为动物科学系。

1996年，南京农业大学动物科技学院成立。

2019年，学院1个本科专业获批国家级一流本科专业建设点，1个本科专业获批省级一流本科专业建设点。

2020年，学院2门课程入选首批国家级一流本科课程。

2021年，学院1个本科专业获批国家级一流本科专业建设点。