1978年，在无锡建立“太湖水产增殖科学实验基地”、“亚太地区综合养鱼研究和培训中心”，后合并为一体，先后有“国家水产总局长江水产研究所”、“中国水产科学研究院长江水产研究所”等多个称谓。

1981年起，机构连续承担国家援外技术和官员培训项目。

1984年，机构更名为中国水产科学研究院淡水渔业研究中心。

中心自“八五”以来一直位列“全国农业科研综合实力百强研究所”。

1993年，中心与南京农业大学共同成立“南京农业大学无锡渔业学院”。

2002年11月，中心被国家科技部、财政部和中编办确定为非营利性科研机构，进入国家科技创新体系。

2003年，中国水产科学研究院淡水渔业研究中心水产博士后流动站成立。

2011年，南京农业大学无锡渔业学院开始招收国际留学生；11月，“中国水产科学研究院研究生中心”揭牌成立。