研究部门

据2018年1月中心官网显示，中心设有7个研究室、4个实验基地，拥有1个农业部重点实验室、1个农业部风险评估实验室、4个农业部野外台站、1个农业部试验机构、2个农业部育种中心、1个中国水产科学研究院重点实验室、1个中国水产科学研究院工程技术研究中心、1个江苏省良种场，是农业部新渔药临床中心指定单位。

农业部重点实验室：农业部淡水渔业与种质资源利用重点实验室

农业部风险评估实验室：农业部水产品质量安全环境因子风险评估实验室（无锡）

农业部野外台站：农业部长江下游渔业资源监测站、农业部长江下游渔业生态环境监测中心、农业部长江下游渔业资源环境科学观测实验站、农业部水产动物营养与饲料科学观测试验站

农业部试验机构：农业部饲料和饲料添加剂有效性试验机构

农业部育种中心：农业部长江流域鱼类遗传育种中心、农业部罗非鱼遗传育种中心

中国水产科学研究院重点实验室：中国水产科学研究院长江中下游渔业生态环境评价与资源养护重点实验室

中国水产科学研究院工程技术研究中心：中国水产科学研究院长江特色鱼类工程技术研究中心

江苏省良种场：江苏省省级青虾良种场

中心研究室：生物技术研究室、渔业环境保护研究室、大水面增养殖研究室、水产养殖研究室、水产病害与饲料研究室、渔业经济和信息研究室、水产遗传育种研究室

中心实验基地：南泉实验基地、屺亭实验基地、大浦实验基地、扬中实验基地

人员编制

据2018年1月中心官网显示，中心共有在职职工209人，其中高级专业技术人员65人；博士生导师6人、硕士生导师30人。国家及省部级突贡专家3人，享受政府特殊津贴专家13人；“农业科研杰出人才及其创新团队”3个，国家产业技术体系首席科学家2人、岗位科学家6人，中国水产科学研究院首席科学家4人。

百千万人才工程国家级人选：董在杰等

国家有突出贡献中青年专家：董在杰等

全国农业科研杰出人才：董在杰等

农业部有突出贡献中青年专家：杨弘等

国家大宗淡水鱼产业技术体系首席科学家：戈贤平等

国家罗非鱼产业技术体系首席科学家：杨弘等

设备资源

馆藏资源

据2018年1月中心官网显示，中心馆藏中外文图书、期刊3万余册，拥有渔业科学数据库。