自成立以来，学院以可持续水产养殖、渔业产业现代化为发展导向，不断开拓创新，先后建有生物技术、遗传育种、水产养殖、水环境科学、水生资源学、水生动物病害与营养、渔业经济与信息学、淮河流域渔业生态保护研究中心等8个教研室；拥有农业农村部淡水鱼类遗传育种和养殖生物学重点开放实验室、农业农村部水产品质量安全环境因子风险评估实验室（无锡）、农业农村部长江下游渔业资源监测站、农业农村部新渔药临床中心指定单位、农业农村部饲料和饲料添加剂有效性试验机构、农业农村部长江流域鱼类遗传育种中心、农业农村部罗非鱼遗传育种中心、农业农村部长江下游渔业资源环境科学观测实验站、农业农村部水产动物营养与饲料科学观测实验站等10多个国家级高端科研创新平台。

学院在淡水水产生物技术和遗传育种、渔业资源和环境、淡水增养殖、水产病害与饲料等领域先后承担和完成了1700余项国家和省部级的研究课题，获得科研奖励成果200余项，其中国家级奖励10项、省部级奖励70多项；培育了建鲤、奥尼鱼、“夏奥1号”奥利亚罗非鱼、杂交青虾“太湖1号”、福瑞鲤、吉富罗非鱼“中威1号”、中华绒螯蟹“诺亚1号”、福瑞鲤2号、青虾“太湖2号”、滇池金线鲃“鲃优1号”和暗纹东方鲀 “中洋1号”等15个国家级水产养殖新品种；发表学术论文3000多篇，出版专著130多部，获授权国家专利300多项。