1956年9月，经中共江苏省委文化教育部批准，《南京农学院学报》创刊，时为年刊，后因故停刊。

1980年7月，经中华人民共和国农业部批准，《南京农学院学报》复刊。

1985年，随着南京农学院更名为南京农业大学，《南京农学院学报》也更名为《南京农业大学学报》。

1956年9月，《南京农业大学学报》创刊，曾用刊名《南京农学院学报》。

据中国知网收录信息显示，1981年《南京农业大学学报》由半年刊变更为季刊。

2007年1月18日，《南京农业大学学报》第七届编辑委员会第一次会议在南京农业大学召开。

2008年12月30日，《南京农业大学学报》第七届编辑委员会第二次会议在南京农业大学召开。

2010年，《南京农业大学学报》由季刊改为双月刊。

2012年1月6日，《南京农业大学学报》第八届编辑委员会第一次会议在南京农业大学召开。

2014年12月，该刊成为中国国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

2017年1月，为进一步扩大宣传力度，《南京农业大学学报》正式开通微信公众平台。

2018年3月15日，《南京农业大学学报》第九届编辑委员会第一次会议在南京农业大学召开。