1960年，南京气象学院建立气象学系。

1993年，天气动力学专业获得博士学位授予权。

1998年，大气科学一级学科获博士学位授予权。

1999年，大气科学一级学科博士后科研流动站设立。

2002年，气象学二级学科被评为国家级重点学科。

2004年，南京气象学院更名为南京信息工程大学。

2008年，大气科学学院成立。

2014年，学院获得人力资源社会保障部、教育部“全国教育系统先进集体”。

2019年，大气科学专业入选国家一流本科建设专业。

2020年，大气科学拔尖学生培养基地成功入选教育部首批基础学科拔尖学生培养计划2·0基地。

2022年，大气科学学科入选第二轮“双一流”建设学科。