植物资源

钟山风景名胜区主体位于钟山，森林植被资源以针叶林和针阔混交林为主，兼有阔叶林、落叶阔叶林、常绿—落叶阔叶混交林，同时分布有较大面积的茶园、梅园、桂园、竹林等。

钟山风景名胜区拥有本地野生种子植物113科386属701种、真菌品种380余种、蕨类植物25科36属80种。其中国家保护植物（包括栽培植物）22种：琅琊榆、秤锤树、宝华玉兰、青檀、短穗竹、明党参、瘿椒树、银杏、鹅掌楸、杜仲、水杉、秃杉、野大豆、红花木莲、南方红豆杉、樟、榉树、金钱松、福建柏、喜树、金荞麦、野菱；南京地区珍稀濒危植物8种：杜衡、紫金牛、红果榆、水冬瓜、紫楠、牛鼻栓、南京椴、南京珂南树。

钟山风景名胜区在明孝陵景区的梅花山、樱花园和灵谷景区的灵谷桂园分别建有梅花、樱花和桂花的专类园，其中梅花涵盖11个品种群，共计360多个品种（国际登录品种有137个）；樱花涵盖20余种；桂花18000余株，涵盖4大品种群，20余个品种。

动物资源

钟山风景名胜区东部的钟山主体区域动物资源有1600余种，包括国家级保护动物32种。其中昆虫共计15目150科847属1188种（包括蛾类28科355属494种、蝶类种类8科56属92种）；鸟类14目42科250余种，主要有山喜鹊、黄鹂、啄木鸟、白头翁、翠鸟等；野生哺乳动物有河麂、黄鼬、狗獾、花面狸、貉等22种。西部的玄武湖区域则拥有绿头鸭、夜鹭、白骨顶鸡、鸬鹚、鸳鸯、䴙䴘、黑水鸡等众多鸟类资源，和平门附近的3个无人小岛是这些鸟类的栖息地。