1973年，南宁市成立临时的“三废”综合利用小组，开始对邕江河段水质采样分析，同时对临江污染源进行调查。

1974年1月，成立南宁市环境保护领导小组，下设办公室，负责全市环境保护日常工作。

1979年11月，南宁环境保护办公室升格为南宁环境保护局。

1984年9月，由于机构调整，并入南宁市城乡建设与环境保护委员会。1986年9月，复设南宁市环境保护局。

2019年2月，组建南宁市生态环境局，不再保留南宁市环境保护局。