多年来，医院先后荣获全国文明单位、全国改善医疗服务示范医院奖、全国节约型公共机构示范单位等荣誉称号，医院党委先后获评江苏省先进基层党组织、南通市先进基层党组织、江苏省卫生系统先进基层党组织、江苏省教育系统先进基层党组织等。

2020年11月，评为第六届全国文明单位。

2020年12月，入选2019-2020年节约型公共机构示范单位名单。

2021年6月22日，南通大学附属医院党委被中共江苏省委授予“江苏省先进基层党组织”称号。

2021年10月31日，南通大学附属医院继去年荣登百强榜后，今年又以21·69的总分位列全国医院第44名，江苏省第四名。

2022年1月，入选2019-2021年度江苏省文明单位候选名单。