区公安局设34个内设机构，其中综合管理机构6个（政治处、办公室、警务保障科、科技和通信保障科、信访科、档案管理科），执法勤务机构28个（海防大队、情报指挥中心、政治安全保卫大队、治安警察大队、交通警察大队、刑事警察大队、经济犯罪侦查大队、网络安全保卫大队、巡特警大队、出入境管理大队、监所管理大队、法制大队、区班庄公安检查站、区黑林公安检查站、区柘汪公安检查站、生态环境犯罪侦查大队、单位内部安全保卫大队、大数据侦控大队、人口管理大队、禁毒大队、反恐怖工作大队、警务督察审计大队、政务服务管理大队、图像侦察大队、监察协作勤务大队、安全生产监督管理大队、区看守所、区拘留所）。

区公安局设23个派出机构，其中地方派出所16个（青口派出所、墩尚派出所、沙河派出所、班庄派出所、城头派出所、赣马派出所、塔山派出所、黑林派出所、厉庄派出所、金山派出所、马站派出所、石桥派出所、龙河派出所、城西派出所、经济开发区派出所、城南派出所），海防派出所7个（下口海防派出所、海头海防派出所、柘汪海防派出所、刘口海防派出所、三洋港海防派出所、九里海防派出所、赣榆港海防派出所）。