根据上述主要职责，市商务局设15个职能科室。

办公室

拟订局工作制度，负责文电运转、会议组织、文秘事务、督促查办、信息编报、档案机要、安全保卫、新闻发布、机关精神文明建设、固定资产管理、后勤服务等机关日常政务、事务工作；负责全市经贸团组出国（境）任务批件的申报、管理工作。

人事教育科

负责局机关及局属单位人事和机构编制管理工作项资局机关和局属单位的出国人员的审查工作；负责有关宣传教育培训、培训基地建设、技术职称评聘、劳动工资管理、文明、卫生单位创建等工作。

法制安全科

研究经济全球化、现代市场体系和现代流通方式的发展趋势。提出对策和建议；研究分析全市国内外贸易和国际经济合作形式。提出综合性政策建议；研究全市国内外贸易流通和管理体制改革，就重大问题提出意见和建议；管理外国和香港、澳门特别行政区及台湾地区常驻我市商务代表机构的核准业务；负责有关国内外贸易、国际经济合作、外商投资方面的宣传；承办全市重大经贸协议、合同、章程和重大争议案的研究与协调；承担国内外贸易和国际经济合作领域中的反垄断调查和取证；承办局行政复议和行政诉讼工作；负责全系统的法规宣传教育、法规咨询、安全生产、综合治理及打击邪教组织等工作。

财务统计科

负责编报全市国内外贸易和国际合作的中长期规划和年度计划；监测、预测分析运行情况，负责全市国内外贸易、经济合作统计及其信息发布；负责申报管理和争取国家、省、市有关各项业务资金、专项资金、外事经费、行政经费、基建投资等；负责局机关财会工作和局属单位内部用什监督；负责全市出口退税的用核工作；负责监管局同单位的国有资产。

公平交易科

负责世贸组织规则的研究、通报和咨询工作；负责反倾销、反补贴、保障措施等涉及进出口公平贸易的相关工作；协调国外对我市出口商品的反倾销、反补贴和保障措施的应诉工作，负责市内反倾民反补贴、保障措施等案件对市内产业损害的调查起诉工作；建立产业损害预警机制；指导并协调有关部门和相关中介组织产业安全方面的工作。

对外贸易科

指导、协调全市商品进出口工作。编报进出口商品配额年度计划并组织实施；组织实施进出口许可证的发放，编制并组织实施全市年度进出口指导性计划；指导并组织实施境内外业务对口的交易会、洽谈会等贸易促进活动，拟订相关管理办法，负责国际货运代理企业的资格审定。