根据上述职责，县环境保护局设4个职能科室。

（一）办公室

组织协调局机关日常工作；负责局机关文电、会务、督办、机要、保密、档案、后勤管理服务等工作；负责政府信息公开和县政府市民服务热线办公室转办事项的办理工作；组织综合性调研及重大专题调研；组织开展环境信息和信息化工作；负责局机关及所属单位思想政治工作、精神文明建设及干部、人事、劳资、社会保险、离退休人员管理服务工作。负责环境功能区划和组织编制环境保护规划；拟订我县环境监测制度和规范并组织实施；协调、审核环境保护专项规划；提出环境保护领域固定资产投资规模、方向和县级资金安排意见；负责局机关财务、国有资产管理工作，监督所属单位财务、国有资产管理工作；管理排污费的征收工作；组织实施全县环境监测网的能力建设；定期发布环境质量公告，统一发布全县环境综合性报告和重大环境信息。承担环境安全应急日常管理工作；负责组织编制、修订全县环境安全应急预案并组织应急演练；负责环境应急信息通报，组织开展应急预警工作；牵头协调重特大环境污染事故和生态破坏事件的调查处理；指导、协调乡镇（办事处）重特大突发环境事件的应急工作；负责应急处理处置设施建设和运行的监督。

（二）政策法规科

组织、开展、指导环境保护宣传教育工作；制定并组织实施环境保护宣传教育纲要，开展生态文明建设和环境友好型社会建设的有关宣传教育工作，推动社会公众和社会组织参与环境保护。

拟定全县环境保护有关管理办法；负责环境保护政策和环境法制的调查研究工作；组织开展环境保护执法案件的监督检查活动；负责本部门规范性文件的合法性审核；负责相关行政复议、行政应诉工作;负责全县环境保护普法工作; 负责有关人大代表建议、政协委员提案的办理工作；依法做好环境信访工作。

（三）生态保护管理科

拟订全县生态保护规划，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；协调、监督自然保护区、风景名胜区、森林公园、湿地的环境保护工作和野生动植物保护工作；负责县域内国家、省、市、县自然保护区的申报等相关工作；协调指导农村生态环境保护；监督生物技术环境安全，组织协调生物多样性保护工作；负责生态县建设责任制的组织协调工作； 负责归口管理环境影响评价和环境保护“三同时”监督管理工作；负责建设项目和区域开发项目环境影响报告书（表）、登记表的审批；负责建设项目“三同时”验收工作；负责对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作。

（四）环境管理科

负责全县“主要污染物总量减排目标责任书”的分解，组织考核各乡镇、相关部门和有关企事业单位总量控制目标的落实情况；负责全县污染物排放总量计划的制定、分解、考核工作；负责环保“以奖代补”考核工作。组织实施排污申报登记、排污许可证、污染源限期治理、城市环境综合整治定量考核等制度；拟订大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车、核与辐射污染防治规划并对实施情况进行监督；拟定并监督实施全县重点流域、饮用水水源地环境保护规划；承担环境统计和污染源普查工作。负责贯彻执行各类环境标准、技术规范和污染防治技术政策；负责对清洁生产工作实施监督，参与指导和推动循环经济发展；承办有关环境保护国际条约履约工作，参与处理涉外环境保护事务；负责环境保护设施运营单位资质的审核。