1949年3月，成立“齐齐哈尔铁路员工子弟中学”，属齐齐哈尔铁路分局管辖学校。最早校址在铁路北局宅。后更名名为“齐齐哈尔铁路实验学校”、“齐齐哈尔铁路分局第一中学”。

1963年7月，搬迁到站前原齐铁职工学校处。

1964年，学校成为黑龙江省首批重点中学。

1998年，迁到现校址，后随着学校发展需求，经铁路分局决定把原齐铁四中校址扩为学校西区。

2002年，被评为黑龙江省示范性高中。

2004年8月，由齐铁分局移交地方政府管理，成为市教育局直属单位之一。

2005年4月，经市教育局批准，学校更名为齐齐哈尔中学。