办公室（戒毒场所突发事件处置中心）、政治部（警务处）、立法科、法制审核科（规范性文件管理科）、社区矫正管理科、戒毒管理科、依法行政指导科、行政执法协调监督科、法治宣传科、人民参与和促进法治科、公共法律服务管理科、律师工作科、法律援助工作科、法律职业资格管理科（政务服务科）、指挥中心（信息化和大数据科）、计财装备科、机关党委。

三门峡市司法局设经济开发区分局、城乡一体化示范区分局，为市司法局的派出机构，负责各自辖区范围内的司法行政管理相关工作。

市强制隔离戒毒所、市法律援助中心、市仲裁委员会、市公证处为市司法局的二级机构。