1、办公室：协助局、馆领导处理日常行政事务，协调机关，内部各部门工作；承担局、馆机关党务、群团、效能建设工作，负责局、馆人事、计划生育和秘书、文电、档案、信息、统计、信访、安全保卫、保密、行政后勤、档案刊物发行及文件打印工作；负责全市档案干部教育、培训和档案专业技术职务评聘的有关工作；负责本单位行政、事业经费的管理和接待工作；负责离退休人员服务管理工作。

2、监督指导科：负责检查监督本市各级、各部门和企事业单位宣传贯彻执行档案法规、制度的情况，对违法案件进行查处；负责草拟档案工作综合性、指导性文件和审查制订档案工作的有关制度；负责对市直机关、团体、企事业单位和各县（市、区）档案局、馆的业务指导；监督检查指导全市重点工程、国有资产、重要科技项目和新经济领域、新经济组织的建档工作；组织指导档案信息资源的开发利用及全市档案管理现代化建设工作；负责全市档案事业发展中重要问题的调查研究，提出意见和建议；负责档案学会日常工作。

3、保管技术科：负责接收、征集档案资料，对已进馆的档案资料进行鉴定、整理、统计、解密划控工作，提出开放范围；编制各类检索工具，负责档案文件级目录的计算机录入；负责对保管期满及无保存价值档案的鉴定、销毁工作；负责保管市级单位档案资料，负责档案库房管理，对馆藏档案进行检查，掌握档案保管情况，做好馆藏档案的防火、防虫、防霉、防盗等工作；负责库房温湿度记录、分析、调控，对破损、虫蛀、字迹褪变档案进行抢救修复；进行档案保护技术研究；开展档案管理现代化技术的应用及计算机的管理工作；负责局、馆各类机器、设备的维护；负责对全市各级各类档案馆（室）档案技术工作的指导。

4、编研利用科：根据馆藏档案资料和党政领导机关与社会各方面利用档案史料的需要，开展档案史料编研并做好档案史料的编辑与出版工作；考证史实，订正史料；负责接待、调档、查档、档案咨询和利用效果登记、反馈工作；审核提出外国组织、个人及华侨、港澳台胞来本市利用档案的意见。