航站区

三沙永兴机场改扩建时因为永兴岛没有没有运输工具，因此航站楼是靠人力肩扛、手搬，将值机柜台、候机楼座椅、装饰花草等大小物件一一搬进机场；航站楼为红色建筑，面积约3500平方米，国内出发和国内到达各一个出入口，3个登机口，航站楼大门玻璃门贴着“三沙永兴机场欢迎您”的字样，航站楼内设有海口农商银行贵宾候机室。

飞行区

截至2020年4月，三沙永兴机场飞行区等级为4c级，消防救援等级和应急救护等级均为6·0级，最大使用机型为波音b737-800；民航站坪有4个机位，其中a类机位1个、c类机位3个；跑道编号为05-23，长3000米，宽50米，机场配备dvor（多普勒全向信标）导航设备，05号和23号跑道设置150米简易进近灯光，不开放夜航。